Bei Trainingskontrollen wählt die NADA Athleten aus, die kontrolliert werden sollen. Die rund 8.000 bis 9.000 sich in den Testpools befindenden Athleten werden für die Dopingkontrollen nicht ausgelost, sondern gezielt kontrolliert. Das bedeutet, dass Topsportler, die sich im RTP befinden und zur höchsten Risikogruppe gezählt werden, mehr kontrolliert werden als Athleten aus weniger gefährdeten Sportarten im NTP und ATP. "Intelligente Kontrollen" heißt, vorwiegend dann zu kontrollieren, wenn die Gefahr am größten ist, dass der Sportler möglicherweise zu Dopingmitteln greift. Dadurch soll der Sportler vom Dopen abgehalten werden. Die Saison der Athleten wird nach trainingswissenschaftlichen Erkenntnissen betrachtet und in so genannte dopinggefährdete Zeiten eingeteilt, in denen stärker kontrolliert wird. Athleten müssen aber trotz "intelligenter Kontrollen" jederzeit mit einer Dopingkontrolle rechnen.

Für Wettkampfkontrollen ist der jeweilige nationale Verband zuständig, der den Wettkampf organisiert. Er kann die Zuständigkeit aber auch auf die NADA übertragen. Bei Einzelwettkämpfen werden in der Regel die Athleten auf den ersten drei Plätzen kontrolliert; mindestens ein weiterer Teilnehmer wird zusätzlich ausgelost. Bei Mannschaftswettkämpfen entscheidet das Los darüber, wer kontrolliert wird.